综合保税区属于一个特殊海关监管区域，主要目的就是保留征税任务。早在1990年，我国在上海地区设置了第一个海关监管区域，并且前后设置了多个海关特殊监管区域。我国刚开始设置综合保税区主要作用就是，明确保税区在境内外所具有的地理位置，借助保税区所具有的优惠政策，特别是税收优惠政策，积极吸引外来投资及人才，通过先进管理技术，增加我国出口外汇水平。但是，综合保税区在实际发展中的地位要远远高于法律地位，监管还存在一定缺失，工作经验十分有限，进而造成综合保税区在运行中经常出现偷税漏税问题，加剧国家税收流失问题。
一、综合保税区税收政策
综合保税区所能够享受到的税收政策基本上全部参考港区税收政策。按照我国综合保税区规章管理制度规定，产品由国外入境之后，必须进入到保税港区，对境外产品征收进口环节海关代征税及海关免征进口关税。
在我国税务部门所颁布的税收问题有关规章制度内明确规定，我国保税港区在运营内，享受出口加工区税收政策，也就是说国内产品在进入到综合保税区之后，完成产品退税业务，综合保税区内国内产品并不需要缴纳增值税及消费税。
简而言之，综合保税区仅仅对于三个税种减免，分别为关税、消费税及增值税，剩下税种并不享受综合保税区优惠减免税收。
二、保税物流应用
保税物流主要表示在海关监管之下，产品或者是商品在特殊地区内完成物流配送及中转任务，部分情况下还需要对产品货物进行储存，任何产品在进出口过程中，全面都处于保税状态之下。就以保税物流流程来说，供货商将自身产品运输到综合保税区内，供货商对产品进行出口报关，产品可以在保税区内获取产品所能够享受到的退税单据，境外采购中心通过美金方式采购产品，采购中心在对产品初步简单包装，通过混合包装形式，采购中心会将产品向境外出口，并且向海关部门报备备案，报关产品数目可以与出口报关货物数目之间存在一定差别，产品直接向不同国家发送，进而达到境外客户手内。
保税物流在实际应用内，最为显著优势就是可以有效降低企业运营成本，缩短产品运输时间，降低产品出口成本。产品进区被看作为产品出口，采购方在采购产品内，并不需要提前支付产品增值税。综合保税区可以将不同供应商所储存到的产品进行混合包装处理，进而对产品资源进行有效整合，进而帮助供应商降低自身运营成本，具体情况如表所示。
三、保税加工应用
本文在对保税加工应用分析研究内，以增值税作为研究案例。保税加工主要表示产品加工企业，将产品加工所需要的原材料或者是半成品，从国外临时对产品进口，在这种过程中产品加工企业并不需要缴纳关税，并且进口环节税种也可以有效避免，产品从国内出口之后，进入到综合保税区进行退税。该部分产品在运输到综合保税区之后，需要将产品成品或者是半成品再次进行处理加工，然后在将产品出口。保税加工主要可以分为两种类别，分别为进料加工及来料加工。
1.进料加工业务
进料加工业务在落实过程中，主要包含四个主题，分别为原材料供货商、产品制造商、产品采购方、综合保税区。
原材料供货商所应用到的原材料主要从两个途径获取，分别为境外采购方及境内产品供应商。假设，境内原材料供应商所具有的原材料并不需进入到综合保税区内，境内产品制造商直接将原材料从原材料供应商内采购，该原材料采购也就是境内原材料采购任务。出口退税率与增值税征税率二者存在差别，出口退税率税率为13%，增值税税率为17%，进而境内原材料进项税在无法抵扣之后，出口企业所需要承受的税率比例就会较高，进而提升自身运营成本，无法有效降低自身运营经济成本。
例一：假设某产品出口价格为600美元，原材料保税进口单位价格为200美元，境内原材料在采购过程中并不需要缴纳保税，进而境内原材料采购价格仅仅为100美元，13%为出口退税税率，17%为增值税出口征税。
原材料供货商在产品当期缴纳中，并不需要交纳增值税款，进而无法享受免征，税额得不到抵扣，抵扣税额在计算内，产品出口销售数额减去原材料进口数额，计算结果减去征退税率差值，最终计算结果为16，出口企业运营成本为16美元。
相反，假设国内原材料供应商将自身产品原材料运输到综合保税区内之后，境内产品制造商在将原材料从综合保税区内进行采购，将自身采购的原材料看做海外采购。在这种情况下，产品制造商运营成本就可以有效降低。
例二：假设原材料出口价格为600美元，原材料保税进口价格为200美元，境内制造商要是从综合保税区采购自身所需要的原材料，进而并不需要缴纳税款价格为100美元，13%为出口退税率，17%为增值税出口征税税率。
制造商原材料采购过程中，就需要交纳免征及抵扣税额。免征及抵扣税额在计算中，通过出口销售额减去原材料减免进口金额，计算结果乘以征退税率差值，最终计算结果为12，原材料出口企业运营成本为12美元。这两种原材料征收相比较，产品制造商自身运营成本降低了三分之一左右。
2.进料加工业务
进料加工业务在开展内，境内产品制造商原材料是否进入到综合保税区内，产品制造商经济运营成本就会造成到显著影响。
假设，境内原材料供应商在销售原材料产品内，并不进入到综合保税区内，自行完成原材料销售，境内制造商也直接从境内原材料供应商内采购原材料，这种原材料采购方式就属于典型境内采购。境内原材料在采购内，原材料供应商在采购原材料内，必须缴纳增值税款，同时境内制造商在采购原材料内，所缴纳的进项税额无法享受退税优惠政策，制造商所缴纳的增值税就需要记录在产品生产经济成本内，造成原材料制造商需要承担额外成本，加剧制造商运营成本。
例三：假设境内原材料在采购过程中，税款数额为100美元，原材料保税进口价格为400美元，原材料出口价格为600美元，13%为产品退税率，17%为产品增值税率，境内产品所缴纳的进项税额无法享受退税优惠，继而转变为自身运营成本，自身运营成本为17元。
相反，假设，境内原材料供货商所具有的原材料通过综合保税区进行销售，境内制造商直接从综合保税区内采购原材料产品，所采购的原材料看做为海外原材料。来料加工贸易在落实内，制造商并不需要缴纳进项税额，进口料件可以享受到国家优惠政策，进而企业运营成本可以有效降低。
四、结论
由此可知，我国综合保税区在实际应用过程中，可以帮助制造商家降低自身运营成本，享受更多优惠免税政策，并且对税种再次加工。按照综合保税区所具有的功能作用，属于一种虚拟口岸。所以，综合保税区在实际运行内，最为主要的作用还是保税加工及保税物流，帮助企业享受多优惠政策，提升自身在市场内竞争力。