一、自然资源资产信息收集困难
一是离任审计数据涉及分布、数量、质量、权属等诸多方面，有的能够说明分布情况，却不能提供存量数量；有的只有数量，不能反映其质量；有的产权不清， 权属不明。二是数据断档。由于自然资源资产数据统计程序复杂，技术难度较大，造成数据采集频率不够，数据链出现断层，难以满足审计需要。如森林储蓄量的数据统计，国家层面的统计频率为十年一次，省级层面的统计频率为五年一次。 三是公信力差。客观上讲，自然资源资产总量与质量很难计量。如矿产资源蕴藏量主要基于现有技术预测，质量只能依据勘探和开采样本进行测定；单体水资源的面积在一定时期是不变的，而蓄水量由于库容的淤积是逐步减少的，且库容淤积程度很难测定，其质量测量也无法涵盖所有水域；海洋资源受水文变化影响较大，渔业资源存量因环境污染不断变化，导致自然资源资产基础数据存在较大误差。四是数据分散。自然资源资产种类较多，加之管理职能划分条块分割、事权交叉，其数据分散在多个职能部门，提取难度较大。如收集土地资源的相关数据分别受制于规划、国土、环保等多个部门，而水资源、森林资源、矿产资源又直接与国土部门相关。同时，一些基础数据无法从管理部门取得，而存在于科研机构和企业，难以实现数据共享。
二、自然资源资产的价值评估困难
我国对于自然资源资产的核算以及与国民经济核算体系的关系问题研究最早可以追溯到20 世纪80 年代，但是直到2011 年，也只是在政府财务报表附注中披露政府拥有的自然资源资产的实物量，这与十八届三中全会通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》的要求还相差甚远，自然资源资产的价值难以计量，品种繁多，是制约我国自然资源资产披露不充分的关键性因素，与此同时，自然资源资产有的可能隐藏在地下，尚未进行勘测，有的是可再生资源，有的是非可再生资源，价格的波动性很大，公允价值难以可靠计量，或者市场价格并不能真实地反映其自身的价格。
除此之外，国家的相关政策以及市场宏观环境的变化都会影响到自然资源的开发和利用，例如，在房地产行业中，土地和森林资源的市场价格会受到很大的影响，对于一些不可再生资源而言，价格的变动也很大，例如煤炭资源，在过去相当长的一段时间里都拥有很广阔的市场，甚至成为一个地方发展的关键性因素，但是近些年来，随着科技的不断进步和发展，国家对环境的重视程度越来越高，因而相继出现了新的替代能源，煤炭的价格也呈现出持续走低的态势，自然资源价格的无常变动也给审计带来了巨大的挑战，使得审计所依据的数据和资料的可信程度降低，全面获取审计证据更是困难重重。此外，自然资源资产的质量也很难衡量，比如水资源资产，即使可以用抽取样本的检测结果作为评价其质量的依据，但是由于受到抽样范围和样本规模的影响，也很难评估其结果的完全准确性，而森林资源资产究竟是以其增量还是以覆盖率，抑或是以一个地区森林生态价值来进行评估，并没有统一的定论和评估标准。
三、领导干部自然资源资产责任界定困难
根据我国现行的行政体制可知，我国实行的是党对地方政府的领导，但是对于具体的职能部门而言，具体工作的展开，是在不同的分管领导下主持进行的。即使职能相同的部门处于不同的行政区域，其相应的职责权限也会有所不同。因此，如果某一地区的自然资源环境受到了严重的破坏，这样就很难区分开领导干部的具体责任，这样即使进行了相应的审计，其审计结果的真实性也是有待商榷的。此外，我国领导干部一般都有任期的限制，一般都是5 年的时间，但是我国的自然资源资产却不具备这样的周期性，自然资源资产现状的形成具有一定的持续性和长期性的特点，这就使得很多决策对其产生的影响具有相对的滞后性，在很多情况下，前任领导干部对自然资源资产采取的行动在下任领导干部的任职期间才会突显出来，从而影响到对下任领导干部的审计，这样就会混淆上任领导和下任领导的责任，从而增加审计人员审计的难度。例如发生在2014 年的腾格里沙漠的环境污染事件，其直接原因就是发生在1999年以来的工厂排污所导致的，时隔15 年之久才表现出明显的后果，因此，如果遇到此类事件，国家相关审计人员在审计的过程中更应该把握公平性的原则。
与此同时，我国地域广阔，资源的储备量丰富多样，特别是河流、海洋等水资源资产，流经的区域较多，甚至有的分流被当作相邻区域的分界线。但是，实际上各区域之间由于自然资源资产目标、自然资源资产开发利用方式不同，往往各自为利、相互影响，有时还会在某类自然资源资产的开采问题上产生矛盾，因此，怎样合理区分不同区域领导干部的资源环境责任，是一个急需解决的实际问题。
四、责任追究机制难以贯彻虽然我国越来越重视领导
干部自然资源资产离任审计的责任追究机制，但是相关的文件和法规并不健全，审计的结果并未产生应有的实际效果，环境问责体制的缺失，是我国生态环境破坏日益严重的症结所在，也是解决我国领导干部自然资源资产离任审计问题的基础。通过对领导干部进行自然资源资产离任审计，可以增强各级政府领导干部的环境责任意识，只有领导干部重视了，才可能解决日益严重的生态问题。虽然近些年来我国对于地方领导的业绩考核日益全面，将绿色GDP、生态文明建设、人与自然和谐相处等方面作为考核政府业绩的重要内容，但是具体实施起来并不是一帆风顺，存在着诸多的问题。
例如，对于相关政府业绩评价体系，相关部门在执行的过程中打折执行的现象时有发生，自然资源资产相关的指标权重在业绩评价体系中所占的比重很小，政绩考核体系不健全和不合理的现象仍然很突出。此外，由于领导干部自然资源资产离任审计的固有限制，再加上相关纪检部门缺乏相应的后续跟进措施，即使相关审计能够合理评价领导干部在职期间的自然资源资产相关责任，但是审计的结果对于领导干部的行为也只能起到威慑的作用，并不能从源头上杜绝这种行为的发生。
五、开展审计工作时受到限制
由于我国在领导干部自然资源资产审计方面相关的法律法规并不健全，因此，在进行审计的过程中，会受到被审计单位相关的诸多阻碍，很多审计人员在审计的过程中得不到被审计单位领导干部和相关了解情况的人的配合和支持，更有甚者会对审计有抵制情绪。所以，审计人员在获取充分适当的审计证据的过程中，审计人员所能接触到的信息也是极其有限的，这对于审计工作的开展产生了严重的不利影响，其最终得出的审计结论也很可能是不恰当的，审计也很难达到最终要达到的效果。
在审计分析环节，领导干部自然资源资产审计并没有针对性的审计准则和规范，因而在审计分析的过程中，只能借鉴和模仿注册会计师审计的相关方法、评价体系以及政府审计、经济责任审计等行为的相关准则和规范，但是领导干部自然资源资产审计和前面的几种审计有着本质的区别，因而也就使得领导干部自然资源资产审计缺乏科学合理的评判标准，在大多数情况下都要高度依赖职业判断来进行数据的分析，存在着很大的不确定性。此外，审计主导下的判断标准往往和被审计单位的评判标准有着较大的差异，两者不同的评判标准最终会导致审计结果的偏差，这不利于审计单位进行行之有效的整改，更不利于二者合作关系的展开。
在成果运用阶段，被审计单位或者个人以及其他具有影响力的利益相关者出于各方面的考虑，会对审计结果施加不当的影响，从而使审计结果偏向更有利于自身的利益，最终损害了审计结果的可信性和权威性；出于审计机关和审计人员的权力限制，哪怕在审计结果被出具之后的整改和问责环节，其贯彻落实的过程同样存在被阻碍的可能性，审计难以达到预期的结果。
六、审计人员的专业素质和胜任能力不足
审计人员是审计项目组的组成要素，是连接专业人员的纽带，也是开展审计工作的主体，在审计过程中扮演着重要的角色，因此，审计人员是否具备自然资源资产方面的专业知识对于审计工作的开展至关重要。但是就目前审计的实物情况来看，大多数审计人员的专业素质和胜任能力还有待进一步提升。
首先，领导干部自然资源资产离任审计对于审计人员的专业素质和胜任能力提出了更高的要求。这项审计工作具有较强的专业性、技术性和综合性的特点，要求审计人员具对会计、审计、经济、数学、化学、统计、工程学等方面的知识都要有所了解和涉猎，而我国目前审计人员的知识结构大都是会计、审计、经济法、税法等方面，这对于审计人员在审计过程中获取审计证据，以及评判数据的真实性和可靠性有了很大的限制，在很大程度上束缚了领导干部自然资源资产离任审计的可靠性和真实性。
其次，领导干部自然资源资产离任审计的专业审计人员培养体系尚不健全。纵观我国审计的高等教育培养体制便可发现，培养体系很少涉及会计、审计等专业方面之外的其他方面的专业知识，即使在研究生的培养阶段，关于这方面，有关探讨也相对缺乏，不能满足领导干部自然资源资产离任审计方面的需求；即使在其他方面有所涉及，也只是在理论层面进行了相关探索，和审计实务相差甚远，因此，不符合领导干部自然资源资产离任审计的标准。
最后，对于基层政府审计而言，审计工作量很大，人员相对缺乏，直接导致每个审计人员分配的审计工作远远超出自身的承受能力，在较小的地区显得更为突出，由于审计部门体制的原因，使得在实际工作中无法做到专业细分，可能存在同一名审计人员同时需要涉及税务审计、金融审计、工程审计等多个专业层面，领导干部自然资源资产离任审计只是审计方向之一，这也就决定了对其进行深入的研究和探索。
综上所述，党的十八届三中全会以来，各地方政府积极响应《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》的号召，在领导干部自然资源资产离任审计方面取得了一定的成果，但是在很多方面还存在着诸多问题，这主要是由自然资源资产自身的特点、审计人员的专业素质和被审计单位自身的原因导致的，在今后的工作中，还需要各方的积极努力。（作者单位：河南大学商学院）