一、高等学校“营改增”经历的阶段伴随国家“营改增”政策的逐步出台和各行业“营改增”工作的稳步推进，高等学校“营改增”大致经历了以下三个阶段。
第一阶段，根据财政部、国家税务总局《关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》（财税〔2013〕37 号）的要求和实际业务的需要，高等学校校内单位或个人承担的部分现代服务业业务由税务机关向付款人代开增值税发票，同时由承担相关业务的校内单位或个人自行办理增值税纳税手续，在学校层面并未涉及“营改增”业务。
第二阶段，按照税务机关及校内单位或个人的要求，高等学校校内单位或个人承担的部分现代服务业由学校直接开具增值税发票，由学校出面履行增值税纳税义务，税务机关不再直接面对校内单位或个人办理增值税业务。第三阶段，自2016年5月1日起，按照财政部、国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36 号）的要求，高等学校将原营业税应税项目全部改征增值税，自行开具增值税发票并履行增值税纳税义务。同时，高等学校认真研究国家“营改增”政策并充分分析应税项目，制定“营改增”相关制度，明确增值税征收范围及税率，增值税计算方法，增值税发票办理流程及注意事项，增值税免税政策及办理流程等。二、高等学校“营改增”存在的主要问题1.高等学校增值税纳税人资格认定依据不统一。《营业税改征增值税试点实施办法》规定，年应税销售额超过规定标准（500 万元）的纳税人为一般纳税人，年应税销售额未超过规定标准的纳税人为小规模纳税人。《增值税暂行条例实施细则》规定，非企业性单位，不经常发生应税行为的企业可选择按小规模纳税人纳税。上述认定依据客观上导致同一省份（地区）的高等学校，年应税销售额超过500万元的既有一般纳税人，也有小规模纳税人，影响税收法规的严肃性。2“. 以票控税”的管理模式不利于教学科研活动的开展。除免税情况外，增值税发票一旦开具，无论款项是否已到，均要按照开票金额实时代扣增值税。由于高等学校教学科研的特殊性，款项未到提前开具增值税发票的现象时有发生，这就要求教职工垫支相关税款，待款项到账后才能返还税款，不利于调动教职工从事教学科研的积极性。且“以票控税”与高等学校收付实现制的核算基础也不吻合。按照权责发生制，即使增值税发票已经开具但款项未到，高等学校仍然不会确认收入，但是增值税纳税义务已经履行，即增值税的权责发生制和收入的收付实现制存在一定冲突。3.未出台高等学校增值税账务处理的指导性意见。2016年12月，财政部发布了《关于增值税会计处理的规定》（财会〔2016〕22 号），对会计科目及专栏设置、账务处理、财务报表相关项目列示等情况进行了详细的规定。但在高等学校多数应税业务在校内按项目核算和缴纳增值税，学校层面的增值税应税业务不多的情况下，如何进行科目设置、账务处理、财务报表项目列示和进项抵扣等情况缺乏指导性意见。4.税务报表与高等学校财务报表未实现有效衔接。目前，包括增值税申报表、企业所得税申报表在内的一系列税务报表多数按照企业会计科目及财务报表的体例设置，与高等学校财务制度的科目及体例差异较大，因而财务人员无法根据高等学校财务报表准确填报相关税务报表，只能分析填列，可能会影响税务报表的信息质量。
5.办理国税电子税务局的相关手续有待简化。在实际操作中，高等学校办理国税的电子税务局，必须提供其法人（即校长）的身份证复印件、手机号码(用于注册时接收短信验证码)和开通银联在线支付功能的银行卡，客观上不利于电子税务局的推广和相关工作的开展。6.缺乏针对高等学校“营改增”政策及操作实务的专题培训。2013年“营改增”政策出台以来，社会上出现了大量“营改增”政策及操作实务培训，部分行业也组织了针对本行业的相关培训。但是，针对教育行业尤其是高等学校的“营改增”至今未有效开展，高等学校“营改增”工作完全靠其自身逐步实践、摸索和相互借鉴。
三、有关意见建议1.建议从高等学校实际情况出发，参照《财政部、国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》（财税〔2011〕100号）相关规定，对高等学校增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策，这样既可以保证高等学校小规模纳税人和一般纳税人的实际税负相同，也可以解决税务机关对高校纳税人资格认定过程中遇到的实际问题。2.建议税务机关能够考虑高校会计制度与税收政策的差异，准许高校以收到价款之日来确定纳税义务的产生，即款项到账后才扣缴增值税，而不是开具增值税发票时扣缴增值税。
3.建议出台高等学校增值税账务处理的指导性文件，明确被认定为增值税一般纳税人的高等学校如何进行进项抵扣。可以参照《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条的规定，按照应税服务实际支出费用（应税服务项目实施过程中发生的人员经费、差旅费、测试化验费、检测费等无法取得增值税专用发票的支出）和一定的扣除率计算进项税额，即进项税额=实际支出×扣除率。4.建议税务机关根据高等学校财务制度和财务报表，设计适合高等学校特点的税务报表，减少高等学校财务人员工作量，提高税务报表数据的准确性。5.建议税务机关允许高等学校法人委托或授权相关人员携带被委托人（委托人）自己的相关材料办理国税电子税务局，提高工作效率。
6.建议以高等学校有关财务人员为授课对象，聘请具有高等学校“营改增”实战工作经验的老师，就高等学校“营改增”政策及操作实务等开展有针对性的培训。基金项目：教育部基本科研业务费资助项目（SWU1609116）,重庆市会计学会资助项目（渝会学秘〔2016〕11号）。